Chủ tịch Chính phủ Cách mạng lâm thời và cuộc hiệp thương thống nhất

Ngày 6 tháng 6 năm 1969, Đại hội đại biểu quốc dân miền Nam Việt Nam đã bầu Huỳnh Tấn Phát làm Chủ tịch Chính phủ Cách mạng lâm thời Cộng hòa miền Nam Việt Nam, với các Phó Chủ tịch là bác sĩ Phùng Văn Cung kiêm Bộ trưởng Bộ Nội vụ, Giáo sư Nguyễn Văn Kiết kiêm Bộ trưởng Giáo dục và Thanh niên, cùng cụ Nguyễn Đóa và 7 bộ trưởng khác, bên cạnh Hội đồng cố vấn do luật sư Nguyễn Hữu Thọ làm Chủ tịch. Trụ sở đầu tiên của Chính phủ đóng tại Tây Ninh. Ngày 10 tháng 6 năm 1969, ông chủ trì phiên họp đầu tiên bàn thảo và thông qua Chương trình hành động của Chính phủ.

Chương trình hành động gồm các chính sách lớn như đẩy mạnh cuộc chiến đấu chống đế quốc Mỹ, chính sách hòa hợp dân tộc, khôi phục kinh tế, văn hóa, đảm bảo các quyền tự do, dân chủ, trong đó chính sách về ruộng đất với khẩu hiệu "người cày có ruộng" được đặc biệt quan tâm. Trên cương vị Chủ tịch Chính phủ, ông đã đẩy mạnh hoạt động ngoại giao nhà nước và ngoại giao nhân dân, đòi ngừng bắn, đòi Mỹ chấm dứt dính líu quân sự, đòi trả tự do cho người bị bắt giam giữ. Ông đã đi thăm hữu nghị nhiều nước, và chính phủ các nước đã ủng hộ đề nghị của Chính phủ Cách mạng lâm thời. Ông giữ chức vụ này liên tục cho đến ngày Việt Nam thống nhất năm 1976.

Sau khi đất nước thống nhất, kiến trúc sư Huỳnh Tấn Phát được cử làm Phó Thủ tướng Chính phủ kiêm Chủ nhiệm Ủy ban Xây dựng cơ bản Nhà nước, Phó Chủ tịch Hội Kiến trúc sư Việt Nam. Ông làm Trưởng ban chỉ đạo Quy hoạch Thủ đô và Chủ nhiệm đồ án thiết kế xây dựng Thủ đô Hà Nội, chỉ đạo và góp ý kiến các dự án thiết kế quy hoạch nhiều đô thị trong cả nước như Hà Nội, Thành phố Hồ Chí Minh, Phan Thiết, Nha Trang, Vũng Tàu - Côn Đảo, Tây Ninh. Ông còn đảm trách chức vụ Phó Chủ tịch Hội đồng Nhà nước và Chủ tịch Đoàn Chủ tịch Ủy ban Trung ương Mặt trận Tổ quốc Việt Nam trước khi qua đời năm 1989.