Củng cố hậu phương và xây dựng lực lượng vũ trang tại Quân khu 4

Sau hiệp định Giơ-ne-vơ, đất nước tạm bị chia cắt làm hai miền Nam - Bắc. Đồng chí Đoàn Khuê được phân công công tác tại Quân khu 4 - địa bàn chiến lược yết hầu vừa là hậu phương trực tiếp của tiền tuyến miền Nam, vừa là tuyến đầu đối diện với chiến tranh phá hoại của địch. Từ năm 1960 đến năm 1964, ông đảm nhiệm chức vụ Phó Chính ủy Quân khu 4, tích cực tham gia lãnh đạo, chỉ đạo xây dựng lực lượng vũ trang địa phương lớn mạnh.

Trên cương vị lãnh đạo Quân khu 4, ông đặc biệt quan tâm đến công tác xây dựng Đảng bộ quân khu trong sạch, vững mạnh, nâng cao sức chiến đấu và tinh thần sẵn sàng chiến đấu cho lực lượng vũ trang ba thứ quân. Ông trực tiếp chỉ đạo việc huấn luyện, chuẩn bị mọi mặt về tư tưởng lẫn vật chất để Quân khu 4 làm tròn nghĩa vụ thiêng liêng là hậu phương lớn chi viện tối đa sức người, sức của cho chiến trường miền Nam ruột thịt. Những chủ trương, quyết sách nhạy bén của ông trong giai đoạn này đã góp phần giữ vững an ninh chính trị, trật tự an toàn xã hội trên địa bàn quân khu, đồng thời bảo vệ vững chắc các mục tiêu kinh tế, quốc phòng trước âm mưu leo thang đánh phá ác liệt của đế quốc Mỹ.