Cuộc sống gia đình của Cao Văn Khánh

Năm 1949, trong buổi nói chuyện với các sinh viên trường Đại học Y khoa Việt Bắc, ông gặp một nữ sinh viên người đồng hương là Nguyễn Thị Ngọc Toản. Ngày 22 tháng 5 năm 1954, ông bà tổ chức đám cưới tại Điện Biên Phủ sau ngày chiến thắng, ngay trong hầm của tướng Christian de Castries.

Vợ của ông, bà Nguyễn Thị Ngọc Toản xuất thân trong gia đình quý tộc triều Nguyễn. Cha của bà là ông Tôn Thất Đàn, từng giữ chức Thượng thư bộ Hình. Tên gốc của bà là Tôn Nữ Ngọc Toản. Người chị gái của bà là Tôn Nữ Thị Cung là phu nhân của Giáo sư Bác sĩ Đặng Văn Ngữ.

Bà Ngọc Toản hiện đang là Giáo sư, Bác sĩ Quân y, hàm Đại tá, Phó chủ tịch Hội phụ sản Việt Nam. Bà cũng là Ủy viên Trung ương Hội Nạn nhân chất độc da cam/Dioxin. Bà cũng là tác giả một số sách y học, với các chuyên đề về sinh sản và giới tính, kiến thức về bệnh ung thư gan... được người đọc đánh giá cao.

Ông bà có với nhau 4 người con, 3 trai 1 gái.

Người con trai đầu tên là Cao Quý Vũ, là học sinh trường Nguyễn Văn Trỗi,[8] đã qua đời trong chiến tranh.

Người con trai thứ là Cao Quý Bảo từng phục vụ bộ đội, đã rời ngũ và hiện là doanh nhân, chủ nhân khu Resort Vạn Chài ở Thanh Hóa. Người con gái duy nhất là Cao Thị Bảo Vân hiện là Phó Giáo sư, Tiến sĩ Dược khoa, Viện phó Viện Paxtơ thành phố Hồ Chí Minh.

Người con trai út là Cao Quý Anh đã qua đời vào năm 2003 do bệnh ung thư gan từ di chứng của Dioxin.

Bản thân tướng Cao Văn Khánh cũng được xác định qua đời do bệnh ung thư gan từ di chứng của Dioxin. Theo lời của Thiếu tướng Nguyễn Đôn Tự kể với nhà báo Phùng Nguyên, trong một chuyến công tác qua huyện A Lưới – Thừa Thiên – Huế, có năm người gồm cả tướng Cao Văn Khánh, ông và 3 người nữa, đã có đi qua một khu vực bị rải Dioxin làm trụi lá cây. Sau chiến tranh, 4 người trong chuyến công tác ấy đều chết vì ung thư gan, riêng tướng Nguyễn Đôn Tự sinh một người con gái bị di chứng chất độc da cam, gây chậm phát triển.