Thực hiện nghị quyết của Quân ủy Trung ương về nhiệm vụ công tác quốc phòng năm 1976, Đảng ủy Quân khu 9 ra nghị quyết xác định: Ổn định một bước vùng mới giải phóng, tích cực chấn chỉnh tổ chức, xây dựng lực lượng, triển khai bộ đội làm nhiệm vụ kinh tế, xác định phương hướng kế hoạch cho các vấn đề cơ bản lâu dài, tiếp tục chuyển hướng các mặt công tác xây dựng lực lượng vũ trang và củng cố quốc phòng theo kế hoạch dài hạn, phù hợp với yêu cầu tình hình và nhiệm vụ mới,...
Được sự đồng ý của Bộ Quốc phòng, từ những tháng cuối năm 1976, Quân khu 9 tổ chức xây dựng một số đơn vị nhằm đáp ứng yêu cầu bảo vệ Tổ quốc, thành lập Trung đoàn thiết giáp 26, Trung đoàn thông tin 29, Trung đoàn công binh 25 và tổ chức thêm tám trung đoàn để thay thế Sư đoàn 4 và Sư đoàn 8 trở lại làm nhiệm vụ chiến đấu bảo vệ biên giới Tây Nam Tổ quốc.Đầu năm 1977, trong lúc Quân khu 9 đang tập trung củng cố xây dựng và phát triển lực lượng, đẩy mạnh sản xuất xây dựng kinh tế, khắc phục hậu quả chiến tranh, thì trên tuyến biên giới, quân Pol Pot đã tập trung lực lượng áp sát biên giới ta, bố trí Sư đoàn 2 và Lữ đoàn 13 đối diện tỉnh An Giang, Lữ đoàn 2 biên phòng đối diện tỉnh Kiên Giang. Ngoài ra, chúng bố trí một đến hai tiểu đoàn ở các tỉnh sát biên giới của ta.Trước khi phát động cuộc chiến tranh xâm lấn toàn tuyến biên giới Tây Nam nước ta, quân Pôn Pốt đã có hai năm tiến hành quấy rối, thăm dò, gây các cuộc xung đột vũ trang ở biên giới nước ta, đồng thời tích cực chuẩn bị chiến tranh chống Việt Nam. Ngày 30-4-1975, miền Nam nước ta hoàn toàn giải phóng, thì ngay sau đó, ngày 3-5-1975, Pol Pot cho quân đổ bộ lên đảo Phú Quốc; ta đánh, chúng phải rút. Ngày 5-5-1975, Pol Pot cho quân chiếm đảo Thổ Chu và bắt đi hơn 500 người dân ta; ở huyện Bảy Núi chúng giết hại 780 người dân ta, đồng thời chúng dùng tàu thăm dò các đảo Nam Du, bắc đảo Phú Quốc. Từ đó, chúng liên tục dùng thủ đoạn "trong nóng, ngoài lạnh", bên ngoài tỏ ra hữu nghị với Việt Nam, bên trong ráo riết chuẩn bị chiến tranh chống Việt Nam trên tất cả các mặt chính trị, quân sự và ngoại giao.Chấp hành mệnh lệnh của cấp trên, Bộ Tư lệnh Quân khu 9 chủ trương: “Kiên quyết bảo vệ toàn vẹn lãnh thổ và chủ quyền đất nước, khôi phục các đảo và đất đai bị lấn chiếm". Quân khu tổ chức lực lượng đánh địch ở các đảo Thổ Chu, Phú Quốc và huyện Bảy Núi. Ngày 7-5-1975, lực lượng vũ trang Phú Quốc dùng áp lực buộc địch rút khỏi đảo Phú Quốc. Ngày 25-5-1975, Quân khu 9 tiến công lấy lại đảo Thổ Chu.Tuy bọn Pol Pot trắng trợn xâm lược nước ta, nhưng ta vẫn kiên trì chủ trương khôi phục mối quan hệ hữu nghị giữa hai dân tộc, tôn trọng chủ quyền lãnh thổ của nhau, tránh mọi va chạm. Trong hai năm 1975-1976, ta đã chủ động mở bảy cuộc đàm phán, nhưng đều không có kết quả. Thực chất là Pol Pot muốn kéo dài thời gian để chuẩn bị chiến tranh. Chúng đưa phần lớn lực lượng vũ trang ra sát đường biên chuẩn bị sẵn sàng tấn công. Mặt khác, được sự viện trợ ồ ạt của bên ngoài, chúng gấp rút tăng lực lượng vũ trang từ vạn quân chỉ tổ chức ở quy mô đại đội, tiểu đoàn lên 12 vạn quân tổ chức thành 12 sư đoàn chủ lực, 30 trung đoàn bộ đội địa phương và các binh chủng kỹ thuật. Chúng liên tục xâm phạm, đánh phá vùng biên giới của Việt Nam một cách dã man, gây cho nhân dân ta nhiều tổn thất về người và của.Sau hai năm quấy rối, thăm dò, phía Pol Pot chủ trương: "Phải tiêu diệt người Việt Nam ngay trên đất Việt Nam". Chính Pol Pot tuyên bố mục tiêu là đánh đến cây thốt nốt số một, tức là Lăng Cha Cả, Thành phố Hồ Chí Minh của ta. Giai đoạn này, ở trong nước, Pol Pot thực hiện cuộc tàn sát diệt chủng đẫm máu, ở biên giới ta thì chúng liên tục đột nhập vũ trang gây tội ác, số người dân Campuchia và số cán bộ Campuchia hoảng sợ chạy sang ta, theo luật quốc tế, Bộ Ngoại giao ta có công văn chỉ thị trao trả. Khi trao trả bao nhiêu, chúng giết bấy nhiêu, thậm chí chúng giết ngay trên đất của ta, trước mặt ta. Sau này ta không trao trả nữa mà ta cấp lương thực cho họ và nuôi họ.Hồi đó, khi quân Pol Pot đánh sang nước ta, giết dân ta, trở mặt rất rõ, nhưng về đối ngoại ta vẫn nhẫn nhịn gọi là “đồng chí Pol Pot". Vấn đề Campuchia đúng ra là ta phải tự kiểm điểm một cách nghiêm túc. Trong từng giai đoạn ta có sai sót. Rõ ràng là sau thắng lợi mùa Xuân 1975, ta thiếu cảnh giác. Khi chúng đánh ta rất đau mà ta vẫn nghĩ rằng: “Đây chỉ là sai lầm của lãnh đạo và chính quyền địa phương của bạn”. Ta chỉ thực sự thấy rõ âm mưu, bản chất dã man của kẻ thù khi chính thức có nguồn tin tình báo chiến lược về sự liên kết nhằm làm suy yếu Việt Nam trong khi Việt Nam đang phải gánh chịu hậu quả 30 năm chiến tranh xâm lược của thực dân, đế quốc, vết thương chưa lành, lương thực thiếu ăn.Từ ngày 23 đến 29-10-1975, lãnh đạo hai nước lớn Mỹ và Trung Quốc đã gặp nhau và ký thỏa ước.