Đảm nhận chức vụ Thứ trưởng Bộ Quốc phòng, Tổng Tham mưu trưởng
Bước ngoặt lớn khi ông trở thành Tổng Tham mưu trưởng Quân đội nhân dân Việt Nam năm 1998.
Năm 1998, Trung tướng Lê Văn Dũng được bổ nhiệm giữ chức Thứ trưởng Bộ Quốc phòng, Tổng Tham mưu trưởng Quân đội nhân dân Việt Nam. Đây là cơ quan chỉ huy tham mưu cao nhất của Quân đội, chịu trách nhiệm trước Đảng, Nhà nước về công tác quân sự, quốc phòng.
Trên cương vị mới, ông đã cùng tập thể Quân ủy Trung ương và Bộ Quốc phòng tập trung chỉ đạo công tác huấn luyện, sẵn sàng chiến đấu, điều chỉnh lực lượng quân đội theo hướng "tinh, gọn, mạnh". Ông tham mưu nhiều chủ trương quan trọng về điều chỉnh chiến lược quốc phòng, ứng phó với các thách thức an ninh truyền thống và phi truyền thống.
Với tác phong làm việc sâu sát, quyết đoán nhưng rất khoa học, ông đã chỉ đạo Bộ Tổng Tham mưu hoàn thành xuất sắc chức năng tham mưu chiến lược, góp phần nâng cao sức mạnh tổng hợp và khả năng sẵn sàng chiến đấu của toàn quân.
