Đầu thế kỷ XVI – cuối thế kỷ XVIII
Năm 1527, Mạc Đăng Dung lên ngôi, lập nên Nhà Mạc với trung tâm quyền lực đặt ở Thăng Long. Năm 1530, Mạc Thái Tổ, tức Mạc Đăng Dung, nhường ngôi cho con trai cả là Mạc Đăng Doanh để lui về quê hương Cổ Trai làm Thái Thượng Hoàng. Ông đã cho xây dựng làng Cổ Trai từ một làng chài ven biển thuộc huyện Nghi Dương, phủ Kinh Môn của trấn Hải Dương khi đó (ngày nay là xã Ngũ Đoan thuộc huyện Kiến Thụy của thành phố Hải Phòng) trở thành kinh đô thứ hai của Nhà Mạc (Dương Kinh) tồn tại đồng thời với trung tâm Thăng Long. Mạc Đăng Dung lấy Nghi Dương làm trung tâm của Dương Kinh, cắt phủ Thuận An ở trấn Kinh Bắc và các phủ Khoái Châu, Tân Hưng, Kiến Xương, Thái Bình ở trấn Sơn Nam cho lệ thuộc vào Dương Kinh. Mạc Đăng Dung vốn xuất thân từ cư dân làm nghề chài lưới và buôn bán ven biển, và Nhà Mạc thuộc số ít các triều đại phong kiến Việt Nam coi trọng phát triển công thương nghiệp, đặc biệt là nền kinh tế sản xuất hàng hóa (điển hình là đồ gốm sứ) thay vì tập trung chủ yếu vào kinh tế tiểu nông truyền thống.
Dương Kinh được xây dựng như một kinh đô thu nhỏ, với vai trò là kinh đô thứ hai của Nhà Mạc sau trung tâm quyền lực ở Thăng Long. Theo những mô tả của các bộ chính sử (Đại Việt sử ký toàn thư, Đại Việt thông sử), văn bia cổ còn lưu lại và hiện trường được phát lộ cùng khối lượng hiện vật phong phú thu được qua các đợt khai quật khảo cổ thì Dương Kinh bao gồm quần thể kiến trúc cung điện, lầu các với quy mô trải rộng như Các Dương Tự, điện Tường Quang, Phúc Huy, phủ Hưng Quốc, đồn binh, kho lương và cả một trường Quốc học song song với Quốc Tử Giám tại Thăng Long; ngoài ra còn có các đình, chùa được xây mới hoặc tu bổ, cùng với hệ thống đê bao ngăn nước mặn và chống lũ lụt. Ngoài ra, Nhà Mạc còn cho xây dựng một số thương cảng trên bến dưới thuyền làm nơi giao thương như phố Lỗ Minh Thị, An Quý, Do Nha. Khác với các cung điện ở Đình Bảng (Bắc Ninh) dưới thời Lý, Thiên Trường (Nam Định) dưới thời Trần, hay Lam Kinh (Thanh Hóa) thời Lê sơ vốn chủ yếu là nơi nghỉ ngơi, thờ tự của các vua chúa và hoàng tộc, Dương Kinh thời Mạc còn có vai trò như một trung tâm kinh tế, giao thương quan trọng nằm sát biển cùng với Thăng Long, Phố Hiến nằm khá sâu trong đất liền. Ngày nay, các nhà sử học Việt Nam có chung nhận định Dương Kinh thời Mạc không chỉ là kinh đô hướng biển mà còn là đô thị ven biển đầu tiên trong lịch sử Việt Nam.
Nhà Mạc thất thủ ở Thăng Long (1592), phải rút lên đất Cao Bằng, tướng Nhà Lê-Trịnh là Trịnh Tùng đã đem quân đốt phá, san phẳng các công trình kiến trúc được xây dựng thời Mạc trên địa bàn Dương Kinh. Trải qua hơn 200 năm sau với các triều đại từ Lê Trung Hưng (Lê-Trịnh) đến Nhà Tây Sơn và cuối cùng là Nhà Nguyễn, địa bàn Hải Phòng bấy giờ nằm trong địa phận quản lý của trấn Hải Dương rồi tỉnh Hải Dương (1831) về sau.
Sau khi Dương Kinh triều Mạc bị phá hủy cuối thế kỷ XVI, tiếp đến giai đoạn Trịnh - Nguyễn phân tranh kéo dài suốt 2 thế kỷ XVII - XVIII đã hình thành nên sự phân chia Đàng Trong - Đàng Ngoài. Trong thời kỳ này, miền duyên hải thuộc địa bàn Hải Phòng ngày nay vẫn giữ một vai trò quan trọng trong quan hệ thương mại giữa xứ Đàng ngoài với các thuyền buôn phương Tây (đặc biệt là người Hà Lan và người Anh) bên cạnh sự hình thành và phát triển của Phố Hiến.
Trong những thư tịch của các nhà hàng hải, thương nhân châu Âu có liên quan đến xứ Đàng ngoài trong thế kỷ XVII - XVIII thì ngoài 2 đô thị chính lúc đó là Kẻ Chợ (Thăng Long) và phố Hiến còn nhắc nhiều đến 2 địa danh khác là Batshaw (còn được viết là Batsha) và Domea nằm trong khoảng vĩ độ 20°45' và 20°50' bắc thuộc vùng Đồ Sơn - Tiên Lãng ngày nay.
Domea, một cảng cửa khẩu quốc tế quan trọng của xứ Đàng ngoài,[11] đóng vai trò như tiền cảng của Phố Hiến, nơi hiếm hoi trên toàn lãnh thổ Việt Nam lúc đó, người nước ngoài, trong đó chủ yếu là người Hà Lan được thật sự tự do sinh sống và buôn bán. Trong thời kỳ này nhiều loại rau có nguồn gốc từ xứ lạnh như bắp cải, su hào, súp lơ... đã được các thuyền buôn Hà Lan mang tới và phổ biến cho dân địa phương cách gieo trồng. Di chỉ thương cảng Đò Mè (Domea) ngày nay được hầu hết các nhà nghiên cứu lịch sử và khảo cổ xác định thuộc địa bàn làng An Dụ, xã Khởi Nghĩa, phía bắc huyện Tiên Lãng ngày nay.
Nhà hàng hải người Anh ở thế kỷ XVII là William Dampier có viết về Batsha (Batshaw) và Domea trong cuốn sách Du hành và Khám phá năm 1688. Theo Dampier viết, đi từ biển vào đầu tiên là qua Batsha, sau đến Domea, rồi đến Hean (phố Hiến) và cuối cùng là tới Cachao (Kẻ Chợ hay Thăng Long). Theo như mô tả của William Dampier, cư dân sống ở làng chài mang tên Batsha (thuộc khu vực bán đảo Đồ Sơn ngày nay) không chỉ làm nghề đánh cá mà còn làm hoa tiêu dẫn đường cho những thuyền buôn phương Tây vào vùng cửa sông Thái Bình thuộc khu vực các huyện Tiên Lãng và Vĩnh Bảo (Hải Phòng). Đây là khu vực chủ yếu ở Đàng Ngoài, nơi mà các thương thuyền đến từ phương Tây như Hà Lan hay Vương quốc Anh được tự do ra vào, buôn bán trao đổi hàng hoá và lưu trú lâu dài vào thời đó.
Nhưng không phải chỉ những nhà hàng hải hay thương nhân châu Âu mới chú ý đến vai trò của Batsha (Batshaw) trên con đường thương mại của xứ Đàng Ngoài mà đến cả những tên tuổi vĩ đại trong lịch sử khoa học như Isaac Newton và Pierre-Simon Laplace cũng nhắc đến địa danh Batsha trong các tác phẩm của họ bởi hiện tượng thủy triều đặc biệt ở vùng biển Đồ Sơn.
Trong tác phẩm khoa học kinh điển Principia Mathematica (tên gọi tắt là Các nguyên lý) của nhà vật lý kiêm toán học vĩ đại người Anh Isaac Newton xuất bản bằng tiếng Latin lần đầu vào năm 1687 có nhắc đến địa danh cảng Batsham nằm trong vĩ độ 20°50' bắc, thuộc vương quốc Tunquini (xứ Đàng Ngoài), nơi mà thủy triều lên xuống chỉ một lần trong ngày.[12] Newton cũng cho biết ông có được thông tin đó từ những nhà hàng hải, những người có thể đã từng du hành tới Đàng Ngoài trong thế kỷ XVII.
Cuối thế kỷ XVIII, một nhà vật lý kiêm toán học vĩ đại khác là Pierre-Simon Laplace, được giới khoa học mệnh danh là Newton của nước Pháp, đã nhắc lại hiện tượng thủy triều ở cảng Batsha của vương quốc Tunking (Tunquin) trong tác phẩm của ông xuất bản bằng tiếng Pháp năm 1796 có tựa đề Exposition du système du monde.[13] Hơn 90 năm sau những ghi chép của William Dampier, Abbé Richard ở thế kỷ XVIII trong cuốn sách Lịch sử Đàng Ngoài xuất bản ở Paris (Pháp) năm 1778 với nhiều chi tiết mô tả về Domea: "Cách cửa sông 5 hoặc 6 hải lý có một thành phố khác gọi là Domea, nhỏ hơn Phố Hiến nhưng lại rất nổi tiếng với người nước ngoài và nó ở trong một cái vụng được tạo bởi dòng sông đối diện với nó. Họ thả neo và chỉ ở nơi này họ mới được phép đặt cơ sở để tiến hành buôn bán..."
Bản đồ châu Á của Johann Matthias Hase, xuất bản ở Nuremberg (Đức) năm 1744 cũng đánh dấu Domea như là một địa danh quan trọng ở khu vực xứ Đàng Ngoài. Do những biến động của lịch sử Việt Nam giai đoạn cuối thế kỷ XVIII cùng chính sách bế quan tỏa cảng của các triều đại phong kiến về sau đã làm cho hoạt động ngoại thương gần như đình trệ, kéo theo sự suy tàn của nhiều làng nghề sản xuất cùng những thương cảng quan trọng một thời, trong đó có Domea.
