Hưởng ứng Chiến Cần Vương
Chỉ trong vòng một năm ngắn ngủi, triều đình Huế đã thay đổi đến vị Hoàng đế thứ 4 – Hoàng đế Hàm Nghi. Tôn Thất Thuyết và đại thần nhiếp chính Nguyễn Văn Tường đã đưa Hiệp Hòa lên ngôi sau khi phế truất Dục Đức. Tuy nhiên, vị Hoàng đế mới này lại tỏ ra nghi kị các đại thần phụ chính khiến cho Tôn Thất Thuyết một lần nữa đưa ra quyết định phế truất và hành quyết.[22] Không lâu sau khi Kiến Phúc được đưa lên ngôi, vị Hoàng đế trẻ tuổi này đã bắt gặp Nguyễn Văn Tường đang thông dâm với mẹ nuôi Học Phi của mình.[23] Điều này đã dẫn đến việc Hàm Nghi được đưa lên ngôi thay thế anh trai mình. Cũng chính vì việc phế lập Hoàng đế liên tục này mà quân Pháp đã kết luận rằng các quan nhiếp chính đang gây ra quá nhiều rắc rối, cần phải bị dẹp bỏ.[23] Năm 1885, Hàm Nghi phải chạy ra Tân Sở (Quảng Trị) để tránh Pháp. Cũng trong năm này, Phan Đình Phùng đã nổi dậy hưởng ứng và tập hợp dưới ngọn cờ khởi nghĩa của Hoàng gia.[8][24]Tôn Thất Thuyết đưa Hàm Nghi lên làm người đứng đầu trên danh nghĩa của Phong trào Cần Vương, tìm cách lật đổ sự cai trị của Pháp bằng một cuộc nổi dậy bảo hoàng. Phan Đình Phùng đã tích cực hưởng ứng bằng cách lập căn cứ ở Hà Tĩnh, thành lập đội quân du kích cho riêng mình.[8] Trong thời gian này, Tôn Thất Thuyết muốn tranh thủ sự hỗ trợ từ nhà Thanh của Trung Quốc nhưng Nguyễn Văn Tường lại cho rằng trợ lực lớn nhất của Việt Nam bấy giờ là Xiêm.[11] Bởi Hoàng đế mở đầu nhà Nguyễn là Gia Long đã gả em gái của mình cho vua Xiêm, đồng thời Xiêm cũng là căn cứ của ông trong thời gian ông tìm cách giành lại ngai vàng vào những năm 1780.[11] Tuy nhiên, nhiều lần kêu gọi sự giúp đỡ từ chính phủ Xiêm chỉ đổi lại một ít vũ khí và đạn dược.[8] Để chuẩn bị cho khởi nghĩa, Tôn Thất Thuyết đã chuẩn bị và xây dựng căn cứ ở Tân Sở suốt một năm.[23][25]Cuộc khởi nghĩa Cần Vương đã chính thức bắt đầu vào ngày 5 tháng 7 năm 1885 khi Tôn Thất Thuyết mở cuộc tấn công vào quân Pháp sau một thời gian đối đầu ngoại giao.[26][27][28] Sau khi cuộc tấn công thất bại, Tôn Thất Thuyết đã phải đưa Hàm Nghi chạy về phía bắc, đến gần biên giới với Lào. Cuộc khởi nghĩa được chính thức phát động khi Hoàng đế ban bố Chiếu Cần Vương đã được các nhiếp chính soạn sẵn.[25][29]Phan Đình Phùng hưởng ứng Chiếu Cần Vương, được Hàm Nghi phong làm Tán lý Quân vụ, lãnh đạo các nghĩa quân.[30] Ông tập hợp sự ủng hộ từ các làng quê, lập đại bản doanh trên núi Vũ Quang, một nơi có thể nhìn ra pháo đài ven biển của Pháp. Tổ chức của ông cũng trở thành hình mẫu cho các nghĩa quân sau này. Ông chia nghĩa quân thành 15 thứ, mỗi thứ có từ 100 đến 500 quân.[31] Nghĩa quân của ông được giữ kỷ luật và mặc quân phục như quân đội chính quy.[32] Đứng ra giúp sức cho Phan Đình Phùng là các sĩ đại phu có tiếng như Phan Trọng Mưu, Cử Phan Cát Su, Phan Quang Cư và các võ tướng xuất thân từ nông dân như Cao Thắng, Cao Nữu, Lê Ninh, Nguyễn Chanh.[33] Trận chiến đầu tiên gây sự chú ý của nghĩa quân là cuộc tấn công vào hai ngôi làng Công giáo gần đó đã hợp tác với Pháp.[a] Chỉ một vài giờ sau khi cuộc tấn công bắt đầu, quân Pháp xuất hiện và nhanh chóng đàn áp được nghĩa quân, buộc nghĩa quân phải chạy về căn cứ. Quân Pháp thừa thắng truy đuổi đến và đốt phá toàn bộ đồn Đồng Thái, khiến nơi này chịu thiệt hạ nặng nề.[8][35] Phan Đình Phùng chạy thoát, nhưng anh trai là Phan Đình Thông lại bị Nguyễn Chính bắt được. Nguyễn Chính vốn là Kinh lược Bắc Kỳ, nhưng vì tội ngang ngược hoành hành, không lo cho dân mà bị Phan Đình Phùng lúc ấy còn là Ngự sử dâng sớ vạch tội, cũng vì vậy mà bị Tự Đức cách chức.[36] Nay Nguyễn Chính hợp tác với Pháp, được giữ chức Tổng đốc Nghệ An.[8]Nguyễn Chính và quân Pháp muốn dùng việc Phan Đình Thông bị bắt để ép Phan Đình Phùng đầu hàng. Họ lợi dụng các cộng sự, người cùng làng như Lê Kinh Hạp, Phan Trọng Mưu, Võ Khoa, Hoàng Cao Khải viết thư lấy "tình xưa nghĩa cũ" khuyên Phan Đình Phùng đầu hàng để cứu anh trai, tránh cho làng quê và mồ mả tổ tiên bị giày xéo. Nhưng Phan Đình Phùng vẫn quyết từ chối, ông nói:[37]Tôi từ khi cùng chư Tướng khởi binh Cần Vương, đã có chủ tâm là bỏ cả việc gia đình quê quán ra ngoài, không nghĩ gì đến nữa. Nay tôi chỉ việc có một ngôi mộ rất to, nên giữ, là đất nước Việt Nam; tôi chỉ có một ông anh rất to, đang bị nguy vong, là mấy mươi triệu đồng bào. Nếu về mà sửa sang phần mộ của mình thì ngôi mộ cả nước kia ai giữ? Về để cứu vớt ông anh của mình, thì anh em trong nước ai cứu? Tôi bây giờ thề chỉ có một cái chết mà thôi.[38]— Phan Đình PhùngNói rồi, ông không thèm trả lời thư mà chỉ nhắn cho người đưa thư về nhắn cho Lê Kinh Hạp rằng: "Nếu có ai làm thịt anh ta, thì nhớ gửi cho ta bát nước canh".[37] Tuy vậy, ông cũng không ảo tưởng về viễn cảnh đánh bật quân Pháp thành công, ông nói: "Đó là số phận của chúng tôi, chúng tôi chấp nhận".[32] Sự việc này và cách hành xử của Phan Đình Phùng được coi là một trong những lý do khiến cho ông được dân chúng và các thế hệ người Việt chống thực dân Pháp về sau ngưỡng mộ: ông đặt tình yêu nước lên cao nhất. Ông đặt mục tiêu tất cả vì quốc gia, bỏ qua cả gia đình và quê hương.[37]Quân đội của Phan Đình Phùng được đào tạo kỷ luật và bài bản, mà người đứng đằng sau chính là Cao Thắng - thủ lĩnh "Giặc cờ Vàng" và được anh trai Phan Đình Phùng cứu khỏi quân đội triều đình hơn một thập kỷ trước.[2] Nghĩa quân chủ yếu hoạt động ở Thanh Hóa, Hà Tĩnh, Nghệ An và Quảng Bình nhưng mạnh mẽ nhất là hai tỉnh Nghệ – Tĩnh. Năm 1887, sau nhiều trận thất bại, Phan Đình Phùng nhận ra sai lầm trong chiến thuật của mình, ông ra lệnh cho các tướng sĩ chuyển sang cách đánh du kích. Ông lệnh cho người xây dựng các khu căn cứ, kho lương thực, xây dựng hệ thống tình báo và các đầu mối tiếp tế cho nông dân; còn bản thân ông quyết định ra Bắc để kêu gọi văn thân chí sĩ cùng nổi dậy.[39] Trong thời gian ông ra Bắc, Cao Thắng tiếp tục lãnh đạo một lực lượng khoảng 1000 người với 500 khẩu súng ống.[32] Lực lượng của Cao Thắng đã sản xuất được khoảng 300 khẩu súng trường bằng cách tháo rời và học theo những khẩu súng đã thu được của quân Pháp từ năm 1874.[40] Để có thể tạo ra được những khẩu súng nhái như vậy, họ đã cho bắt rất nhiều công tượng người Việt. Về sau, người Pháp đã nhận định rằng những vũ khí này đã được sao chép thành thạo, chỉ có một chi tiết bị lỗi là quá trình tôi luyện lò xo. Lò xo được chế tạo thiếu các nan ô, và thiếu độ gợn sóng, làm hạn chế phạm vi và độ chính xác.[41]Tuy nhiên, vũ khí mà nghĩa quân sử dụng kém xa so với đối thủ, tất cả các vị trí của họ trong đất liền đều nằm trong tầm bắn của Hải quân Pháp.[11] Lúc bấy giờ, người Việt Nam không thể dựa vào Trung Quốc để hỗ trợ vật chất, còn các nước phương Tây như Bồ Đào Nha, Hà Lan hay Vương quốc Anh thì không muốn bán vũ khí cho họ vì nhiều lý do khác nhau. Vì vậy, Phan Đình Phùng phải tìm những con đường trên bộ để có thể mua vũ khí từ Xiêm, trong bối cảnh sử dụng đường biển không khả thi với sự có mặt của Hải quân Pháp. Ông lệnh cho các tướng sĩ dưới quyền lập một con đường bí mật từ Hà Tĩnh qua Lào vào đông bắc Xiêm; một tuyến đường như vậy từ núi Vũ Quang được cho là đã được tạo ra vào khoảng năm 1888.[40] Ở Tha Uthen, nơi có một cộng đồng người Việt xa xứ, có một nữ ủng hộ viên được chỉ định làm người mua vũ khí cho Phan Đình Phùng tên là Co Tam. Vào năm 1890, Quân đội Xiêm đã vận chuyển khoảng 1000 khẩu súng trường của Áo từ Bangkok đến Luang Prabang ở Lào. Tuy nhiên, vẫn chưa rõ số vũ khí này có lọt vào tay Việt Nam hay có liên quan đến hoạt động của Co Tam hay không.[40]
