Phan Thanh Giản

Cũng có những trí thức đương thời thì tỏ ra thông cảm cho ông. Như Nguyễn Thông đã từng dâng sớ lên vua Tự Đức để giãi bày nỗi lòng cho ông. Và nhà thơ đương thời Nguyễn Đình Chiểu cũng đã tỏ thái độ thương tiếc, trân trọng ông qua bài thơ điếu:

Non nước tan tành hệ bởi đâu?

Dàu dàu mây bạc cõi Ngao châu

Ba triều công cán đôi hàng sớ

Sáu tỉnh cương thường một gánh thâu

Trạm Bắc ngày chiều tin điệp vắng

Thành Nam đêm quạnh tiếng quyên sầu

Minh tinh chín chữ lòng son tạc,

Trời đất từ rày mặc gió thu.

Sau khi chiếm ba tỉnh miền Đông, quân Pháp tiếp tục đánh chiếm ba tỉnh miền Tây, lúc đó Phan Thanh Giản với chức Kinh lược toàn quyền quân sự và dân sự ba tỉnh miền Tây, song ông đã đầu hàng. Theo lệnh của La Grandière, Phan gởi công thơ cho quan Tổng đốc An Giang, Hà Tiên như sau:

Hỡi các quan và dân chúng!… Bản chức van vái trời, bản chức nghe theo lẽ phải và tự nhủ: “Mình còn ngốc khi mình đánh người Phú lang sa bằng võ khí, cũng như con nai con muốn bắt con cọp. Mình lại kéo về phe mình một cách vô ích những tai họa lớn, để tai hại ấy đè lên đầu dân mà trời đã giao cho mình chăn. Vậy bản chức viết công thơ cho các quan văn cũng như các tướng võ hãy bẻ gãy giáo và gươm giao thành trì khỏi chống lại…”

Trong văn bia tại lăng mộ, vua Tự Đức kết tội những quan đại thần được sai đi bàn định điều ước với Pháp (trong đó Phan Thanh Giản dẫn đầu), rằng "không hiểu vì lý do gì lại dễ dàng lập thành hòa nghị. Bỗng chốc đem cả nhân dân cùng đất đai của các triều nhọc nhằn gây dựng cho giặc hết..."

Hai con trai của ông, Phan Tôn (1837 - 1893), Phan Liêm (1833 - 1896), nổi lên chống Pháp tại tỉnh Vĩnh Long.

Năm 1963, hành động giao nộp ba tỉnh miền Tây, được Trần Huy Liệu đem ra bàn luận, và đã kết tội ông là kẻ bán nước.

Sau 1975, nhiều đường phố ở miền Nam Việt Nam mang tên Phan Thanh Giản đã bị đổi thành tên khác