Phùng Quang Thanh – Thứ trưởng Bộ Quốc phòng
Năm 2001, Phùng Quang Thanh được bổ nhiệm làm Thứ trưởng Bộ Quốc phòng. Từ đây, ông bắt đầu trực tiếp tham gia công tác lãnh đạo, chỉ huy ở cấp cao nhất của quân đội. Thời kỳ: 2001–2006
Tháng 5/2001, Phùng Quang Thanh được bổ nhiệm Thứ trưởng Bộ Quốc phòng, đồng thời được giao giữ chức Tổng Tham mưu trưởng Quân đội nhân dân Việt Nam.
Đây là một bước ngoặt lớn trong sự nghiệp của ông. Nếu trước đó ông chủ yếu đảm nhiệm các cương vị chỉ huy ở quân khu, sư đoàn và cơ quan tham mưu, thì nay ông tham gia trực tiếp vào việc chỉ đạo quân đội trên phạm vi toàn quốc.
Trên cương vị Tổng Tham mưu trưởng, ông phụ trách nhiều vấn đề liên quan đến xây dựng lực lượng, huấn luyện, sẵn sàng chiến đấu và tổ chức thế trận quốc phòng.
Kinh nghiệm chiến đấu từ thời kỳ kháng chiến, cùng quá trình làm công tác tham mưu và chỉ huy đơn vị, trở thành nền tảng để ông đảm nhiệm nhiệm vụ mới.
Trong giai đoạn này, quân đội tiếp tục thực hiện yêu cầu xây dựng lực lượng trong thời bình, đồng thời nâng cao chất lượng huấn luyện và từng bước hiện đại hóa một số lực lượng.
Phùng Quang Thanh cũng tham gia nhiều hoạt động đối ngoại quốc phòng, góp phần mở rộng quan hệ hợp tác quân sự với các nước.
Đến năm 2006, ông được giao một trọng trách cao hơn: Bộ trưởng Bộ Quốc phòng.
