Quyền Trưởng ban An ninh Khu 8
Quyền Trưởng ban An ninh Khu 8
Quá trình hoạt động cách mạng, ông đảm nhiệm nhiều chức vụ quan trọng. Trong thời kỳ kháng chiến chống Pháp, ông đã trực tiếp chỉ đạo công tác tình báo, phá hàng loạt vụ án quan trọng của các gián điệp Pháp và Mỹ.
Năm 1948, ông được bổ nhiệm Phó Trưởng ty Công an tỉnh Mỹ Tho, lúc đó Mai Chí Thọ là Trưởng ty. Năm 1949, ông tổ chức đột kích vào "Khu Quốc gia". Nhờ có lực lượng Công an xung phong trá hàng làm nội ứng, Việt Minh đã bắt gọn lực lượng tình báo Phòng nhì Pháp ở Phú Mỹ, thu toàn bộ vũ khí và tài liệu, tang vật quan trọng ngay trong vùng quân đội Pháp đang kiểm soát.
Sau vụ án này, ông còn trực tiếp chỉ huy phá một điệp vụ lớn khác, mang tên "Ban Địa hình Nam bộ". Tổ chức "Ban địa hình Nam bộ" do Tư lệnh lực lượng vũ trang kháng chiến Nam bộ thành lập với nhiệm vụ xây dựng cơ sở bí mật vùng Pháp chiếm đóng để thu thập tài liệu, vẽ sơ đồ địa hình bố phòng quân sự của Pháp. Thế nhưng, tình báo Phòng nhì Pháp đã cài người vào "Ban địa hình Nam bộ" với ý đồ lái hoạt động sang hướng khác, đồng thời cướp của, giết người, thủ tiêu cán bộ Việt Minh cao cấp trong vùng căn cứ để làm mất lòng tin, gây rối nội bộ và tổ chức. Sau khi điều tra, làm rõ được âm mưu đó, Nguyễn Văn Y đã dùng chiến thuật "Rung chà - cá nhảy", ém quân chờ đối phương tại các điểm xung yếu rồi bắn tin đánh động. Các nhân viên phòng Nhì trong tổ chức hoang mang, tưởng đã bị lộ, nên dùng thuyền máy mang toàn bộ tài sản cướp được và cả vũ khí chạy ra hàng lực lượng Pháp thì lọt vào ổ phục kích của Việt Minh.
Trong trận này, lực lượng Việt Minh đã 20 nhân viên Phòng Nhì cùng đầy đủ tang vật vũ khí, tài liệu và tiền bạc do bị những người này cướp từ nhân dân. Sau đó, Tòa án Quân sự đặc biệt đã tuyên án tử hình 5 người cầm đầu và phạt tù 6 người khác. Phá vụ án "Ban địa hình Nam bộ" là thành công lớn của lực lượng Công An trong những ngày đầu mới thành lập.
Sau đó, dưới sự chỉ huy của ông, lực lượng Công An đã bắt sống tên gián điệp CIA Tô Văn Giác, được Mỹ đưa từ Hồng Kông qua Thái Lan, Campuchia về Việt Nam, với vỏ bọc "Phái đoàn liên lạc Hoa Kỳ"; phá vụ án gián điệp Hòa Hảo trá hàng, rồi chỉ đạo "tương kế - tựu kế" bí mật điều tra bắt giáo Thảo - một sĩ quan chuyên viên phản gián của Pháp.
Năm 1951, Nguyễn Văn Y làm Trưởng Ty Công an Mỹ Tho thay Mai Chí Thọ sang làm Bí thư Tỉnh ủy, rồi được bầu vào Ủy viên Thường vụ Tỉnh ủy. Năm 1952, ông được phân công là Phó Ban Kiểm soát của Sở Công an Nam bộ.
Thời gian này, ông đã tổ chức Hội nghị Liên ty Công an Long Châu Sa (Long Xuyên, Châu Đốc, Sa Đéc) và Mỹ Tho (Tân Mỹ Gò), chỉ đạo cụ thể việc chấn chỉnh các ban chuyên môn của Công an 2 tỉnh này. Rồi sau đó, ông được cử xuống giữ chức vụ Trưởng ty Công an tỉnh Long Châu Sa.
Từ tháng 1-1961 cho đến ngày mất, ông giữ các nhiệm vụ: Phó Ban An ninh Khu 8, Quyền Trưởng Ban An ninh Khu Trung Nam bộ. Giai đoạn này, ông đã lập được nhiều thành tích xuất sắc. Nổi bật là đã chỉ đạo xây dựng và bảo vệ vững chắc khu căn cứ cách mạng Khu 8, với quan điểm "căn cứ cách mạng ở trong lòng dân".
