Thời kỳ xây dựng CNXH ở Miền Bắc và chiến tranh Việt Nam (1955 - 1975)
1955 - 1956 là năm học đầu tiên sau khi độc lập, trường Ngô Quyền có 12 lớp cấp II với gần 600 học sinh. Khi đó, thầy Nguyễn Văn Hoà làm Hiệu trưởng.
1956 - 1957, trường chuyển sang hệ phổ thông bậc 10 năm.
1959, thầy Hoàng Hỉ giữ chức vụ Hiệu trưởng.
Từ 1961 - 1965, trường Ngô Quyền có sự phát triển cao nhất về số lớp và số học sinh, 16 phòng học với 32 lớp.
Các hoạt động dạy và học của thầy và trò rất sôi nổi, Hôi đồng giáo dục gồm 100 giáo viên hăng hái thi đua hưởng ứng phong trào "Hai tốt"... Học sinh Ngô Quyền thời kỳ này có thái độ chăm chỉ và tự giác, tích cực học tập, rèn luyện, phấn đấu. Nhiều học sinh sau này đã thành đạt trên các lĩnh vực quản lý, khoa học, văn hoá nghệ thuật... [cần dẫn nguồn]
Trong điều kiện rất khó khăn của những năm sơ tán, học sinh Ngô Quyền vẫn giữ vững và tiếp tục phát huy truyền thống tốt đẹp của mình.
Từ năm 1972, yêu cầu chi viện cho chiến trường miền Nam ngày càng tăng, nhiều học sinh Ngô Quyền đã lên đường làm nghĩa vụ quân sự. Một số thầy giáo cũng tình nguyện "đi B", làm công tác giảng dạy ở các vùng giải phóng.
Mặc dù phải phát triển trong hoàn cảnh ác liệt của chiến tranh, nhưng những hoạt động giáo dục, giảng dạy của trường Ngô Quyền vẫn đảm bảo liên tục, toàn diện, vẫn giữ vững truyền thống và ghi thêm những thành tích vào cuốn biên niên sử đầy tự hào của mình.
