Trần Nhân Tông - Kháng chiến chống Nguyên (1287-1288)
Sau khi đánh bại cuộc tấn công của Nguyên – Mông, tháng 7 năm 1285, vua Nhân Tông đã phóng thích các tù binh người Chiêm Thành (họ bị quân Nguyên bắt tòng quân khi Toa Đô xâm lược Chiêm Thành năm 1283) về nước. Tù binh quân chính quy Nguyên-Mông cũng được trở về quê hương vào mùa xuân năm 1286. Về nội trị, tháng 9 năm 1285, ông đã tiến hành phong thưởng các quan, tướng có công và trừng phạt những người từng đầu hàng địch. Đến tháng 11, ông ra lệnh xét duyệt hộ khẩu trong cả nước. Có bầy tôi ngăn cản vua, cho là dân vừa trải qua nhiều vất vả, nên việc duyệt hộ khẩu lúc này là không cần thiết. Vua Nhân Tông quả quyết: "Chỉ có thể định hộ khẩu vào lúc này, chẳng nên qua đó mà xem xét [tình trạng] hao hụt, điêu tàn của dân ta hay sao?"; các quan bèn nghe theo. Sử gia Ngô Thì Sĩ có phê phán quyết định của vua Nhân Tông:
“
Lúc ấy quân giặc mới rút lui, dân bị thương đau chưa khỏi, dân lưu tán chưa kéo về, thôn xóm đồng ruộng điêu tàn xơ xác, chiêu tập vỗ về dân còn chưa xong, mà đã vội vàng làm sổ đinh; trong việc làm ấy thì phải quan chức tra xét, dân chúng hội họp, phí tổn về ăn uống; con gà, đùi lợn tránh sao khỏi phí, sổ mới, lệ cũ so sánh khó đều, sau khi binh lửa, mà phải bỏ nghề nghiệp đi hầu tra cứu nhiễu dân quá lắm; quần thần biết nói phải để chữa lỗi lầm, Vua trên lại trái lời can mà đặt điều để che lỗi; thế mà quần thần không cố can gián, mà lại khen phục, có phải gần như xiểm nịnh không?
”
— Ngô Thì Sĩ
Cuối năm 1286, Hốt Tất Liệt huy động 30 vạn quân và 500 thuyền chiến chuẩn bị xâm lược Đại Việt lần hai. Nhận được tin này từ các quan biên giới, vua Nhân Tông hỏi Hưng Đạo vương: ""Năm nay thế giặc ra sao?" và được trả lời: "Nước ta thái bình lâu ngày, dân không hiểu việc binh, cho nên năm trước quân Nguyên vào cướp, còn có kẻ ra hàng hay trốn tránh. Nhờ uy linh tổ tôn, ta đã quét sạch bụi Hồ. Nếu giặc lại đến, quân ta đánh đã quen, quân nó ngại đi xa. Ý thần xem ra tất phá được giặc". Sau đó, hai vua đôn đốc vương hầu chiêu mộ, huấn luyện binh sĩ, đồng thời chế tạo binh khí và tàu thuyền để chuẩn bị kháng chiến.
Tháng 12 năm 1287, quân thủy bộ nhà Nguyên chia làm 3 đạo tiến vào Đại Việt. Khác với cuộc chiến năm 1285, quân Việt chỉ đánh có tính kìm chân rồi chủ động lui khỏi biên giới. Thoát Hoan lại tung 2 vạn quân thủy bộ tấn công và chiếm Vạn Kiếp làm căn cứ, sau đó tiến về Thăng Long. Ngày 2 tháng 2 năm 1288, quân Nguyên mở màn đánh phá Thăng Long. Quân Đại Việt bỏ thành rút lui. Cũng ngày này, hải quân Đại Việt do Trần Khánh Dư chỉ huy đã tập kích và tiêu diệt hoàn toàn đoàn thuyền lương của Trương Văn Hổ tại Vân Đồn (Quảng Ninh). Các đoàn thuyền lương khác của quân Nguyên cũng không vào được Đại Việt vì bị bão biển, hoặc vì đi lạc tới Chiêm Thành.
Sau khi Thăng Long thất thủ, Thoát Hoan sai Ô Mã Nhi truy đuổi cha con vua Trần. Nhưng Thánh Tông và Nhân Tông đã lui xuống hạ lưu sông Hồng rồi eo cửa Giao Thủy đi ra biển vòng lên Tháp Sơn (Đồ Sơn). Thoát Hoan đành thu quân về Thăng Long, sau đó cử Ô Mã Nhi đi tìm đoàn thuyền lương của Trương Văn Hổ. Lúc này hai vua và Trần Quốc Tuấn đã tập trung quân thủy bộ ở Tháp Sơn. Khi quân Ô Mã Nhi qua đây, Nhân Tông tổ chức tập kích ở cửa Văn Úc (ngày 10 tháng 2 năm 1288), và trên biển gần Tháp Sơn, gây nhiều thiệt hại cho quân Nguyên. Ô Mã Nhi bèn dẫn quân trở lại Vạn Kiếp.
Ở Thăng Long mà không có lương thực, Thoát Hoan lúng túng. Không những thế, quân Đại Việt đã phản công mạnh mẽ và kiểm soát vùng Hải Phòng đẩy Thoát Hoan vào nguy cơ bị cắt đường về Vạn Kiếp. Tình huống này buộc Thoát Hoan rút quân khỏi Thăng Long quay về Vạn Kiếp. Hai vua Trần một mặt sai Hưng Ninh vương Quốc Tung đến giả vờ hẹn ngày đầu hàng để làm quân Nguyên mất cảnh giác, mặt khác cứ đến đêm lại tung quân đột kích vào Vạn Kiếp. Cuối tháng 3 năm 1288, Thoát Hoan quyết định lui quân khỏi Đại Việt; Ô Mã Nhi được lệnh dẫn một cánh quân thủy rút về trước. Ngày 9 tháng 4, cánh quân này tiến đến sông Bạch Đằng và lọt vào trận địa mai phục của đại quân Việt. Dưới sự chỉ huy trực tiếp của hai vua và Trần Quốc Tuấn, quân Đại Việt đã tiêu diệt toàn bộ cánh thủy quân Nguyên, bắt sống nhiều tướng lĩnh (trong đó có Ô Mã Nhi, Phàn Tiếp, Tích Lệ Cơ) và tịch thu 400 thuyền chiến.
Ngày 18 tháng 4, hai vua Trần về phủ Long Hưng (Hưng Yên) và đưa các bại tướng của trận Bạch Đằng bị bắt đến trình diện trước lăng Trần Thái Tông. Tương truyền khi đó chân của các tượng ngựa đá trong lăng đều lấm bùn, như thể những vật này cũng vừa mới tham gia chiến đấu. Nhân Tông tức cảnh ngâm hai câu thơ rằng:
Xã tắc hai phen bon ngựa đá,
Non sông ngàn thuở vững âu vàng.
Một ngày trước trận Bạch Đằng, đại quân Nguyên bắt đầu rút từ Vạn Kiếp lên biên giới. Hữu thừa Nguyên là Trình Bằng Phi chọn những binh sĩ thiện chiến yểm hộ cho Thoát Hoan chạy về nước. Quân Nguyên về tới ải Nội Bàng (phường Chũ của Bắc Ninh ngày nay) thì bị quân Đại Việt phục kích dữ dội, Vạn hộ Nguyên là Trương Quân phải đem 3000 quân liều chết chiến đấu mới thoát khỏi cửa ải. Qua được Nội Bàng, Thoát Hoan lại nhận tin trinh sát rằng phía trước có 30 vạn quân Đại Việt trải dọc suốt 100 dặm mai phục, đành đổi hướng đi qua Đơn Kỷ (khoảng xã Đình Lập tỉnh Lạng Sơn ngày nay) về Lộc Châu. Tuy nhiên qua đường này, quân Nguyên vẫn bị quân Đại Việt tập kích. Quân Đại Việt từ trên cao bắn tên độc, giết các tướng Trương Ngọc và Abaci. Theo Nguyên sử, quân Nguyên lúc đó đã "thiếu ăn lại mệt vì chiến đấu, tướng tá nhìn nhau thất sắc" nhưng vẫn phải "cố xông vào mà đánh" và "buộc vết thương lại mà đánh". Đến ngày 19 tháng 4 năm 1288, quân Nguyên đã bị quét sạch hoàn toàn khỏi Đại Việt.
Trong bộ Khâm định Việt sử Thông giám Cương mục biên soạn thời vua Nguyễn Dực Tông (cai trị 1847 – 1883), sử quan Đại Nam có nhận xét về vai trò của vua Trần Nhân Tông và các tướng lĩnh tài ba trong hai lần đánh bại quân Nguyên:
“
Lúc bấy giờ nhà Nguyên mới nổi lên, khí thế rất ngang ngược; nhà Trần cũng may gặp lúc mới nổi lên, được các vua Thái Tông, Thánh Tông, Nhân Tông và tướng văn tướng võ phần nhiều người tài, mới có thể đánh bại được giặc, giữ được nước, chứ nếu gặp người khác thì chưa biết thế nào.


