Tư duy đột phá trên cương vị Tư lệnh Tình báo Quốc phòng Việt Nam

Sau khi hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ ở chiến trường trở về, đồng chí Nguyễn Chí Vịnh tiếp tục gắn bó và trưởng thành qua nhiều vị trí công tác tại Tổng cục II (Bộ Quốc phòng). Sự thăng tiến của ông đi liền với những chiến công thầm lặng và các đóng góp quan trọng trong việc hiện đại hóa ngành tình báo quân sự. Năm 2000, ông được bổ nhiệm làm Tổng cục trưởng Tổng cục II khi mới 43 tuổi, trở thành vị tướng trẻ tuổi đảm nhận trọng trách tư lệnh lực lượng tình báo quốc phòng.

​Trên cương vị đứng đầu Tổng cục II, Thượng tướng Nguyễn Chí Vịnh đã chủ động đề xuất và thực hiện nhiều bước đột phá mang tính chiến lược nhằm đổi mới toàn diện công tác tình báo. Ông chỉ đạo chuyển hướng mạnh mẽ tư duy tình báo từ thuần túy quân sự sang tình báo chiến lược tổng hợp, bao gồm cả kinh tế, chính trị, ngoại khoa và khoa học công nghệ. Under sự lãnh đạo của ông, lực lượng Tình báo Quốc phòng đã nâng cao rõ rệt năng lực dự báo, chủ động nắm chắc tình hình quốc tế và khu vực, tham mưu kịp thời cho Đảng, Nhà nước và Quân ủy Trung ương những quyết sách lớn.

​Ông đặc biệt coi trọng việc xây dựng lực lượng tình báo chính quy, tinh nhuệ, hiện đại và tuyệt đối trung thành với Đảng. Với tầm nhìn xa trông rộng, ông chú trọng đào tạo đội ngũ cán bộ tình báo có trình độ tri thức cao, giỏi ngoại ngữ, vững nghiệp vụ và giàu bản lĩnh chính trị, đáp ứng yêu cầu bảo vệ Tổ quốc trong tình hình mới.