Bị giam lần thứ nhất

Tháng 3 năm 1908, phong trào chống sưu thuế Trung Kỳ nổ ra và bị triều Nguyễn cùng chính phủ bảo hộ Pháp đàn áp dữ dội. Phan Châu Trinh cùng nhiều thành viên trong phong trào Duy Tân bị nhà cầm quyền buộc tội là đã khởi xướng phong trào nên đều bị bắt.

Phan Châu Trinh bị bắt ở Hà Nội, giải về Huế. Tòa Khâm sứ Huế và Nam triều đều muốn khép ông vào tội chết. Nhưng nhờ sự can thiệp của những người Pháp có thiện chí và những đại diện của Hội Nhân quyền tại Hà Nội, họ buộc lòng phải kết ông án "trảm giam hậu, lưu tam thiên lý, ngộ xá bất nguyên" (nghĩa là tội chém nhưng chỉ giam lại, đày xa ba ngàn dặm, gặp ân xá cũng không cho về), rồi đày đi Côn Đảo ngày 4 tháng 4 năm 1908.

Nhờ dư luận trong nước và nhờ có sự vận động của Hội Nhân quyền ngay trên đất Pháp, đầu mùa hè năm 1910, Thống đốc Nam Kỳ theo lệnh của Toàn quyền Đông Dương ra Côn Lôn thẩm vấn riêng Phan Châu Trinh. Tháng 8 năm đó, ông được đưa về đất liền. Tại Sài Gòn, một hội đồng xử lại bản án cho ông được ân xá, nhưng buộc xuống Mỹ Tho chịu quản thúc. Ở đây, ông làm nhiều bài thơ về các nhân vật tên tuổi của Nam Kỳ.

Bởi không hoạt động gì được, ông viết thư cho Toàn quyền Đông Dương đòi được sang Pháp hoặc trở lại Côn Lôn, nhất định không chịu cảnh bị giam lỏng ở Mỹ Tho nữa. Vì vậy, nhân có nghị định ngày 31 tháng 10 năm 1908 của chính phủ Pháp về việc lập một nhóm giảng dạy tiếng Hán tại Pháp, năm 1911, chính quyền Đông Dương cử một đoàn giáo dục Đông Dương sang Pháp, có cả Phan Châu Trinh và con trai là Phan Châu Dật.