Bước tiến lên Trung ương – Phó Chủ nhiệm Thường trực Văn phòng Chính phủ

Tại Đại hội Đại biểu Toàn quốc lần thứ X của Đảng (tháng 4 năm 2006), ông Nguyễn Xuân Phúc được bầu làm Ủy viên Ban Chấp hành Trung ương Đảng. Tháng 3 năm 2006, ông được điều động về Thủ đô Hà Nội giữ chức vụ Phó Tổng Thanh tra Chính phủ, trước khi được Thủ tướng Chính phủ bổ nhiệm làm Phó Chủ nhiệm Thường trực Văn phòng Chính phủ vào tháng 6 năm 2006.

Văn phòng Chính phủ là cơ quan tham mưu tổng hợp, giúp việc trực tiếp cho Thủ tướng và các Phó Thủ tướng trong điều hành bộ máy hành chính nhà nước. Trên cương vị Phó Chủ nhiệm Thường trực, ông Nguyễn Xuân Phúc đã nhanh chóng tiếp cận công việc ở quy mô vĩ mô, trực tiếp chỉ đạo công tác cải cách thủ tục hành chính, bảo đảm tiến độ và chất lượng các đề án trình Chính phủ. Ông đã thể hiện năng lực bao quát, tác phong làm việc khoa học và khả năng điều phối hiệu quả giữa các bộ, ngành và địa phương, tạo bước chuẩn bị vững chắc cho vị trí người đứng đầu Văn phòng Chính phủ.