Chỉ đạo những công trình và ý tưởng lớn của đất nước

Năm 1981, Kiến trúc sư Huỳnh Tấn Phát là Trưởng ban chỉ đạo quy hoạch kiêm chủ nhiệm đồ án thiết kế xây dựng Thủ đô Hà Nội (1981). Trong Dự án này ông đã vạch ra những nét cơ bản cho việc phát triển của Thủ đô sau này.

Năm 1983, tại Đại hội đại biểu toàn quốc Hội Kiến trúc sư Việt Nam lần thứ III, Kiến trúc sư Huỳnh Tấn Phát được bầu làm Chủ tịch Hội. Trên cương vị này, ông có điều kiện gần gũi, quan tâm hơn đến hoạt động của giới Kiến trúc sư. Ông chỉ ra đường hướng phát triển của hội sau chiến tranh - trước hết là phải thật sự đoàn kết, động viên nhau cùng góp sức cho công cuộc kiến thiết nước nhà. Ông trăn trở quan tâm phát triển nhà ở cho người nghèo ở đô thị, nông thôn và nhà ở cho công nhân. Ông từng về mỏ than Mạo Khê làm Chủ tịch Hội đồng giám khảo một cuộc tuyển chọn mẫu nhà ở thích hợp với điều kiện kinh tế, tiện dụng để xây dựng cho công nhân mỏ.
Kiến trúc sư Huỳnh Tấn Phát từ trần ngày 30/9/1989 để lại nhiều tình cảm yêu thương, quý trọng trong lòng đồng chí, đồng bào, đồng nghiệp. Suốt cuộc trường chinh ông đã tận tụy làm đẹp cho đời theo cả nghĩa cụ thể và nghĩa rộng nhất của từ này.

Kiến trúc sư Huỳnh Tấn Phát đã ghi dấu trí tuệ trên nhiều công trình lớn:
- Chỉ đạo thiết kế xây dựng Cung Thiếu nhi Hà Nội (1976-1978).
- Thiết kế Câu lạc bộ TDTT Quân đội (Hà Nội, 1977-1978).
- Chỉ đạo thiết kế Đại học Sư phạm Hà Nội, thập niên 1980.
- Chỉ đạo và trực tiếp chỉnh sửa nội ngoại thất Bảo tàng Hồ Chí Minh tại Hà Nội (1979-1985).
- Chỉ đạo thiết kế xây dựng sân bay Nội Bài (Hà Nội, 1980-1986).
-  Trưởng ban chỉ đạo quy hoạch kiêm chủ nhiệm đồ án thiết kế xây dựng Thủ đô Hà Nội (1981).
- Nhà hát Hòa Bình (Thành phố Hồ Chí Minh, 1983).
- Chỉ đạo và góp ý kiến cho các dự án quy hoạch: Thành phố Hồ Chí Minh, Quy Nhơn, Phan Thiết, Nha Trang, Vũng Tàu - Côn Đảo, Tây Ninh, Lạng Sơn.

Tên của Kiến trúc sư Huỳnh Tấn Phát đã được đặt cho đường phố ở Hà Nội, Thành phố Hồ Chí Minh, Đà Nẵng, Huế, Nam Định và ở Bến Tre quê hương ông.