Chiến lũy dựng từ tre làng và bùn ruộng khiến quân Pháp phải thừa nhận là "quan trọng nhất"
Năm 1885, sau khi kinh thành Huế thất thủ, Tôn Thất Thuyết đưa vua Hàm Nghi lên chiến khu Tân Sở ra chiếu Cần Vương kêu gọi toàn dân kháng chiến. Hưởng ứng lời kêu gọi, tháng 2/1886, Đinh Công Tráng cùng các văn thân, thổ hào yêu nước như Phạm Bành, Hoàng Bật Đạt, Trần Xuân Soạn, Hà Văn Mao (người Mường), Cầm Bá Thước (người Thái) đã chọn khu vực ba làng Mậu Thịnh, Thượng Thọ, Mỹ Khê thuộc huyện Nga Sơn, Thanh Hóa làm căn cứ kháng chiến lâu dài — nơi mỗi làng có một ngôi đình, từ đình làng này có thể nhìn thấy đình hai làng kia, nên căn cứ được gọi là Ba Đình.
Đinh Công Tráng đã tận dụng tài tình địa thế tự nhiên để xây dựng công trình phòng thủ độc đáo: dùng rơm trộn bùn đắp thành lũy quanh làng, bao bọc bên ngoài là hệ thống đầm nước tự nhiên; đào hào rộng cho hai người có thể di chuyển song song, với những đoạn thẳng được thiết kế uốn theo hình chữ "chi" để tránh đạn bắn thẳng của địch; phía trong là thành đất dày 8-10 mét, cao đến 3 mét, trên mặt xếp nhiều lớp rọ tre đựng bùn trộn rơm rạ để chắn đạn. Đặc biệt, căn cứ còn có hệ thống "chân rết" — các đường hầm bí mật thông đến nhiều huyện lân cận, thuận tiện cho việc tiếp tế, liên lạc và thoát thân khi cần. Vào mùa mưa, cả căn cứ trông như một hòn đảo nổi giữa cánh đồng nước mênh mông, tách biệt hoàn toàn với các làng xung quanh.
Nghĩa quân đã tổ chức được nhiều trận đánh lớn khiến quân Pháp phải khiếp sợ. Chính người Pháp sau này đã phải thừa nhận: "1886-1887, cuộc công hãm Ba Đình là quan trọng nhất, cuộc chiến đấu này thu hút nhiều quân lực nhất và làm cho các cấp chỉ huy lo ngại nhiều nhất." Sau nhiều tháng bị vây hãm, để dập tắt được cuộc kháng chiến, quân Pháp buộc phải dùng đến biện pháp tàn khốc: đốt cháy toàn bộ lũy tre cùng ba làng, xóa tên chúng khỏi bản đồ hành chính. Nghĩa quân phải mở đường máu rút lên miền Tây Thanh Hóa để tiếp tục cầm cự cho đến khi khởi nghĩa tan rã vào giữa năm 1887. Về sau, cái tên Ba Đình đã được chọn đặt cho quảng trường lịch sử tại Hà Nội — nơi Chủ tịch Hồ Chí Minh đọc Tuyên ngôn Độc lập năm 1945.
