Có mặt bên Dương Văn Minh trong giờ phút Sài Gòn sụp đổ
Sau khi được trao trả năm 1973, Vũ Ngọc Nhạ tiếp tục vận động giới Công giáo, góp phần gây sức ép buộc Nguyễn Văn Thiệu từ chức, và có mặt tại Dinh Độc Lập đúng thời khắc chính quyền Sài Gòn tuyên bố đầu hàng.
Mạng lưới tình báo H10 - A22 do Vũ Ngọc Nhạ đứng đầu đã bị chính quyền Sài Gòn phát hiện và đưa ra xét xử trong một vụ án gián điệp gây rung động cả miền Nam năm 1969. Trước tòa, chính ông đã tự bào chữa cho mình và các đồng sự trong vụ án được mô tả là "gián điệp lớn nhất thời đại", và kết quả là không một thành viên nào của cụm A22 bị kết án tử hình, phần nào nhờ vào sự nghi kỵ mà nước đi khôn khéo của ông đã gieo rắc giữa chính quyền Sài Gòn và cơ quan tình báo CIA.
Sau khi được trao trả tự do vào năm 1973 theo các điều khoản liên quan đến Hiệp định Paris, Vũ Ngọc Nhạ tiếp tục hoạt động trong lực lượng thứ ba, vận động giới Công giáo ủng hộ cho tiến trình hòa bình và cách mạng. Cuối tháng 4 năm 1975, khi cục diện chiến trường đã nghiêng về phía quân Giải phóng, ông đã tích cực tham gia gây sức ép, góp phần buộc Tổng thống Nguyễn Văn Thiệu phải từ chức, mở đường cho Dương Văn Minh lên nắm quyền. Trưa ngày 30 tháng 4 năm 1975, ông có mặt ngay tại Dinh Độc Lập, bên cạnh Dương Văn Minh, chứng kiến sự sụp đổ của chính quyền mà ông đã len sâu, cài cắm hoạt động tình báo trong suốt hơn 20 năm.
Năm 1976, ông được điều về Cục 2, Bộ Quốc phòng với quân hàm Thượng tá, và sau này được phong lên Thiếu tướng Quân đội nhân dân Việt Nam. Những hoạt động của ông đã được nhà văn Hữu Mai tái hiện trong bộ tiểu thuyết "Ông cố vấn, hồ sơ một điệp viên", xuất bản năm 1987. Ông qua đời ngày 7 tháng 8 năm 2002 tại Sài Gòn, khi 75 tuổi, và phần mộ của ông hiện nằm gần với các phần mộ của những nhà tình báo cùng thời như Phạm Xuân Ẩn và Đặng Trần Đức.
