Nguyễn Văn Linh trong những năm cuối sự nghiệp

Năm 1991, Nguyễn Văn Linh kết thúc nhiệm kỳ Tổng Bí thư nhưng không rời khỏi các hoạt động chính trị. Ông tiếp tục tham gia công tác cố vấn và đóng góp ý kiến về những vấn đề quan trọng của đất nước. Đây là giai đoạn Việt Nam tiếp tục triển khai công cuộc Đổi mới trong bối cảnh quốc tế có nhiều biến động. Liên Xô tan rã, hệ thống xã hội chủ nghĩa ở Đông Âu thay đổi và Việt Nam phải điều chỉnh nhiều chính sách để thích ứng với môi trường mới. Nguyễn Văn Linh tiếp tục quan tâm đến vấn đề xây dựng Đảng, chống tham nhũng, tiêu cực và nâng cao hiệu quả quản lý. Ông thường có những ý kiến thẳng thắn về những hạn chế trong bộ máy và yêu cầu cán bộ phải giữ trách nhiệm trước nhân dân. Dù không còn giữ chức vụ lãnh đạo cao nhất, tiếng nói của ông vẫn được chú ý vì ông có nhiều năm kinh nghiệm hoạt động cách mạng và trực tiếp tham gia giai đoạn đầu của công cuộc Đổi mới. Ông cũng quan tâm đến những thay đổi trong đời sống xã hội khi nền kinh tế chuyển sang cơ chế mới. Việc mở rộng kinh tế thị trường tạo ra nhiều cơ hội nhưng đồng thời cũng xuất hiện những vấn đề như chênh lệch thu nhập, tham nhũng và tiêu cực. Nguyễn Văn Linh cho rằng quá trình phát triển cần đi đôi với việc giữ gìn kỷ luật và nâng cao trách nhiệm của cán bộ. Những năm cuối đời, sức khỏe của ông giảm sút nhưng ông vẫn theo dõi tình hình đất nước và tham gia đóng góp ý kiến. Ngày 27 tháng 4 năm 1998, Nguyễn Văn Linh qua đời tại Thành phố Hồ Chí Minh, hưởng thọ 82 tuổi. Ông để lại dấu ấn đặc biệt trong lịch sử Việt Nam hiện đại, nhất là với vai trò trong giai đoạn khởi đầu của công cuộc Đổi mới và những quan điểm mạnh mẽ về chống tiêu cực, xây dựng bộ máy và trách nhiệm của cán bộ.